La temporada 2006-07.
El 13 de julio de 2006 comenzaba la pretemporada bética, que se realizó en las instalaciones jerezanas de Montecastillo. Al frente del equipo Javier Irureta, 58 años, quien llegaba después de una exitosa estancia de 7 años en el banquillo del Deportivo.
En la plantilla se produjeron 12 bajas: Luis Fernández (Racing), Fernando Varela (Mallorca), Joaquín Sánchez (Valencia), David Relaño (Badalona), Ricardo Oliveira (Milan), Diego Tardelli (Sao Caetano), Paolo Castellini (Parma), Juan José Cañas (Alcalá), Israel Bascón (cedido al Mérida), Óscar López (cedido al Nástic), Juanlu Gómez (cedido al Osasuna) y Pablo Niño (Mérida).
Y fueron 8 las altas: Damiá Abellá (Barcelona), Rafael Sobis (Internacional Porto Alegre), Johan Vogel (Milan), Enrique Romero (Deportivo), Fernando Vega (Lorca), David Odonkor (Borussia Dortmund), Jorge Wagner (Internacional Port Alegre) y Francisco José Maldonado (Lorca). En el mercado de enero llegaron Branko Ilic (Donzale), Juan Pablo Caffa (Arsenal Sarandi) y Fabrice Pancrate (cedido desde el PSG). Y desde la cantera debutó Isidoro Gómez.
Durante la estancia en Montecastillo se jugaron amistosos frente al Chiclana (0-7), Atl. Sanluqueño (1-2) y Marchena (0-8). Posteriormente se jugaron más amistosos ante el Polideportivo Ejido (0-0), Xerez (1-1), Levante (1-1) y Sporting de Braga (3-0). La pretemporada finalizó con la participación en el Trofeo Carranza, con un empate a 3 frente al Real Madrid y victoria en la tanda de penaltis, y una derrota en la final con el Cádiz en la tanda de penaltis después de empatar a 2.
Fueron dos las competiciones oficiales en las que participó el Betis en esta temporada: el Campeonato de Liga de Primera División y la Copa.
La Liga se inició el 26 de agosto en Mestalla frente al Valencia y finalizó en El Sardinero el 17 de junio contra el Racing. El Betis finalizó en la posición 16ª con 40 puntos, tras 8 victorias, 16 empates y 14 derrotas, con 36 goles a favor y 49 en contra. Javier Irureta dejó el equipo tras 16 jornadas en diciembre, siendo sustituido por Luis Fernández, quien dirigió al equipo hasta la jornada 37 en que fue cesado, siendo Francisco Chaparro el encargado de dirigir al Betis en la jornada dramática final frente al Racing, donde una trascendental victoria 0-2 aseguró la permanencia.
En la Copa el Betis llegó hasta cuartos de final, donde cayó ante el Sevilla, después de haber eliminado al Recreativo de Huelva y Real Madrid.
En suma, una mala temporada, muy alejada de las perspectivas iniciales, y en la que hubo que esperar hasta la última jornada para asegurar la categoría.
En los 44 partidos de competición oficial (38 de Liga y 6 de Copa) el Betis utilizó 30 futbolistas: Juan Gutiérrez «Juanito» (38), Robert Da Pinho (34), Rafael Sobis (34), Jesús Capitán «Capi» (33), Juan Alberto Andreu «Melli» (32), Marcos Assunçao (32), Alberto Rivera (32), Luis Eduardo Schmidt «Edu» (30), Fernando Fernández (29), Miguel Ángel (26), Victoriano Rivas «Nano» (25), Antonio Doblas (23), Francisco Javier Muñoz «Xisco» (22), Pedro Contreras (21), Enrique Romero (21), Fernando Vega (20), Johan Vogel (19), Daniel Martín «Dani» (19), Francisco José Maldonado (19), Arturo García «Arzu» (18), David Odonkor (15), Branko Ilic (13), David Rivas (12), Jorge Wagner (12), Juan Pablo Caffa (9), Isidoro Gómez (8), Juan de Dios Prados «Juande» (8), Fabrice Pancrate (7), Alejandro Lembo (3) y Óscar López (1).
Los goles béticos fueron marcados por Robert Da Pinho (9), Luis Eduardo Schmidt «Edu» (8), Rafael Sobis (5), Fernando Fernández (3), Francisco Javier Muñoz «Xisco» (3), Juan Gutiérrez «Juanito» (3), Marcos Assunçao (2), Jesús Capitán «Capi» (2), Arturo García «Arzu» (1), Alberto Rivera (1), Daniel Martín «Dani» (1) y Fabrice Pancrate (1).
Melli jugó con la selección sub 21 y Juanito con la selección A.
El equipo filial, el Betis B, entrenado por Francisco Chaparro, militó en el grupo X de la Tercera División. Tras 38 partidos quedó en 2ª posición, con 76 puntos, después de 24 victorias, 4 empates y 10 derrotas, con 59 goles a favor y 33 en contra. En las eliminatorias de ascenso a Segunda B se logró el objetivo tras vencer al Imperio de Mérida y al Reus; esta última eliminatoria estuvo José Luis Mena al frente del equipo, por haber pasado Paco Chaparro al primer equipo.
En el terreno institucional Manuel Ruiz de Lopera dejó la presidencia del club el 11 de julio de 2006, siendo sustituido por José León Gómez, 70 años, quien iniciaba su tercera etapa al frente del club, aunque su poder era muy limitado, dado que Ruiz de Lopera era quien realmente dirigía al club.
La junta de accionistas se celebró el 22 de diciembre en el Hotel Al Andalus. En ella se reconoció un déficit de 11 millones de euros en la campaña anterior y se aprobó un presupuesto de 24 millones para la temporada vigente.
Otros aspectos destacados de la temporada fue el inicio desde finales de 2006 de las celebraciones del Centenario del club, que se desarrollaron durante toda la temporada. También se produjeron los fallecimientos de destacadas figuras de la historia del club como el entrenador Ferenc Szusza o el futbolista José Cabrera.
Desde esta temporada la mascota del club, Palmerín, anima en los prolegómenos de los partidos, además de intervenir en numerosos actos relacionados con la entidad.
A lo largo de la temporada se produjeron numerosas fundaciones de peñas béticas: Manuel Castaño en Sevilla Este, Centenario Juanito en Montemayor, La Primera del Centenario en Sevilla, El Centenario en Escacena del Campo, Lucentina en Lucena, Primer Centenario en Villafranca de los Barros, Centenario en Espartinas, La Esquinita en Sevilla y Amigos del Centenario en San José de La Rinconada.
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